Eurojust surađuje s nacionalnim tijelima u borbi protiv širokog raspona teških i složenih kaznenih djela prekograničnog kriminala u kojima sudjeluju dvije zemlje ili više njih. Agencijapredvodi odgovor pravosudnih tijela na sve veće prijetnje u Europi i tako omogućuje državama članicama da uvijek budu korak ispred počinitelja kaznenih djela, a uglavnom je usmjerena na skupine organiziranog kriminala. Predmeti upućeni Eurojustu često se odnose na više vrsta kaznenih djela.

Vrste su prioritetnih kaznenih djela sljedeće:

• terorizam
• kiberkriminalitet
• trgovina ljudima
• trgovanje drogom
• kaznena djela usmjerena protiv financijskih interesa EU-a (kaznena djela u području zaštite financijskih interesa Unije)
• krijumčarenje migranata
• kaznena djela protiv okoliša
• pranje novca
• prijevara

Eurojust pruža prilagođenu operativnu potporu u različitim fazama istraga kaznenih djela prekograničnog kriminala tako što osigurava sljedeće:

• brze odgovore
• dežurnu koordinacijsku službu koja je dostupna 24 sata dnevno, sedam dana u tjednu
• veze s ključnim partnerima i
• pomoć u pripremi zahtjeva za pravosudnu suradnju, uključujući službene prijevode.

Nadalje, Eurojust može osigurati složene oblike mehanizama za pomoć i koordinaciju, koji se prema potrebi mogu kombinirati kako bi se poduprle glavne operacije. Na primjer, Agencija može:

• koordinirati usporedne istrage
• organizirati koordinacijske sastanke na kojima će sudjelovati odgovarajuća pravosudna tijela i tijela za izvršavanje zakonodavstva
• osnovati i/ili financirati zajedničke istražne timove u okviru kojih pravosudna tijela i tijela za izvršavanje zakonodavstva surađuju u kaznenim istragama u području prekograničnog kriminala, na temelju pravnog sporazuma između dviju zemalja ili više njih i
• planirati dane zajedničkog djelovanja kojima će se u stvarnom vremenu upravljati iz koordinacijskih centara u okviru Eurojusta, tijekom kojih nacionalna tijela mogu uhititi počinitelje, razotkriti skupine organiziranog kriminala i zaplijeniti imovinu.