Eurojust spolupracuje s národnými orgánmi v boji proti širokej škále závažných a zložitých cezhraničných trestných činov, ktoré sa týkajú dvoch alebo viacerých krajín. Táto agentúra vedie súdnu reakciu na rastúce hrozby v Európe, čo členským štátom umožňuje mať náskok pred zločincami, pričom sa zameriava najmä na organizované zločinecké skupiny. Prípady podané Eurojustu sa často týkajú viac ako jedného druhu trestnej činnosti.

Ide o tieto prioritné druhy trestných činov:

• Terorizmus
• Počítačová kriminalita
• Obchodovanie s ľuďmi
• Obchodovanie s drogami
• Trestné činy proti finančným záujmom EÚ
• Prevádzačstvo migrantov
• Trestné činy proti životnému prostrediu
• Pranie špinavých peňazí
• Podvodná činnosť a podvody

Eurojust ponúka operačnú podporu šitú na mieru v rôznych fázach cezhraničného vyšetrovania trestných činov, pričom poskytuje:

• rýchle odpovede,
• službu pohotovostnej koordinácie, ktorá je dostupná 24 hodín denne, sedem dní v týždni,
• prepojenia na kľúčových partnerov a
• pomoc pri príprave žiadostí o justičnú spoluprácu vrátane úradných prekladov.

Okrem toho Eurojust dokáže poskytnúť komplexné formy pomoci a koordinačné mechanizmy, ktoré je možné podľa potreby kombinovať na zabezpečenie podpory pre hlavné operácie. Agentúra napríklad môže:

• koordinovať súbežné vyšetrovania,
• organizovať koordinačné stretnutia s dotknutými súdnymi orgánmi a orgánmi presadzovania práva,
• zriadiť a/alebo financovať spoločné vyšetrovacie tímy (SVT), v ktorých súdne orgány a orgány presadzovania práva spolupracujú na nadnárodnom vyšetrovaní trestných činov na základe právnej dohody medzi dvoma alebo viacerými krajinami, a
• plánovať spoločné akčné dni riadené v reálnom čase prostredníctvom koordinačných centier v Eurojuste, počas ktorých môžu národné orgány zatknúť páchateľov, rozložiť skupiny organizovanej trestnej činnosti a zaistiť majetok.