A Eurojust trabalha com as autoridades nacionais para combater uma vasta gama de crimes transfronteiriços graves e complexos que envolvem dois ou mais países. A Agência lidera a resposta judiciária a ameaças crescentes na Europa, permitindo que os Estados-Membros se mantenham um passo à frente dos criminosos, concentrando-se principalmente em grupos de crime organizado. Os processos apresentados à Eurojust envolvem frequentemente mais de um tipo de crime.
Os tipos de crime prioritários incluem:
- Terrorismo
 - Cibercriminalidade
 - Tráfico de seres humanos
 - Tráfico de estupefacientes
 - Crimes contra os interesses financeiros da UE (crimes PIF)
 - Introdução clandestina de migrantes
 - Crime ambiental
 - Branqueamento de capitais
 - Burla e fraude
 
A Eurojust oferece apoio operacional personalizado nas diferentes fases das investigações criminais transfronteiriças, fornecendo:
- respostas rápidas;
 - um serviço de coordenação permanente que está - ativo 24 horas por dia, 7 dias por semana;
 - ligações com os principais homólogos; e
 - assistência na preparação de pedidos de cooperação judiciária, incluindo traduções oficiais.
 
Adicionalmente, a Eurojust pode integrar tipos complexos de mecanismos de assistência e coordenação, que podem ser combinados consoante o que for necessário para apoiar as principais operações. Por exemplo, a Agência pode:
- coordenar investigações paralelas;
 - organizar reuniões de coordenação, envolvendo as autoridades judiciárias e policiais envolvidas;
 - criar e/ou financiar equipas de investigação conjuntas (EIC) nas quais as autoridades judiciárias e policiais trabalhem em conjunto em investigações criminais transnacionais, com base num acordo jurídico entre dois ou mais países; e
 - planear dias de ação conjunta, orientados em tempo real através de centros de coordenação na Eurojust, durante os quais as autoridades nacionais podem deter criminosos, desmantelar grupos de crime organizado e apreender bens.