Eurojustas bendradarbiauja su nacionalinėmis valdžios institucijomis, kovodamas su įvairiais sunkiais ir sudėtingais tarpvalstybiniais nusikaltimais, susijusiais su dviem ar daugiau šalių. Agentūra vadovauja teisminiam atsakui į didėjančias grėsmes Europoje, suteikdama valstybėms narėms galimybę būti žingsniu priekyje nusikaltėlių, daugiausia dėmesio skiriant organizuoto nusikalstamumo grupėms. Eurojusto iškeltos bylos dažnai susijusios su daugiau nei vienu nusikaltimų tipu.

Prioritetiniai nusikaltimų tipai:

• terorizmas
• kibernetiniai nusikaltimai
• prekyba žmonėmis
• prekyba narkotikais
• ES finansiniams interesams kenkiantys nusikaltimai (PIF nusikaltimai)
• neteisėtas migrantų gabenimas
• nusikaltimai aplinkai
• pinigų plovimas
• apgaulė ir sukčiavimas

Eurojustas teikia individualiai pritaikytą operatyvinę paramą įvairiais tarpvalstybinių baudžiamųjų tyrimų etapais, užtikrindamas:

• greitą reagavimą;
• budinčios koordinavimo tarnybos, veikiančios kasdien visą parą, paslaugas;
• ryšius su pagrindiniais kolegomis ir
• pagalbą rengiant teisminio bendradarbiavimo prašymus, įskaitant oficialius vertimus.

Taip pat Eurojustas gali pritaikyti sudėtingų formų pagalbos ir koordinavimo mechanizmus – prireikus juos galima tarpusavyje derinti remiant svarbias operacijas. Pavyzdžiui, Agentūra gali:

• koordinuoti lygiagrečiai vykdomus tyrimus;
• organizuoti koordinacinius pasitarimus, įtraukiant atitinkamas teismines institucijas ir teisėsaugą;
• įsteigti ir (arba) finansuoti jungtines tyrimų grupes (JTG), kuriose teisminės institucijos ir teisėsauga bendradarbiautų vykdydamos tarptautinius nusikalstamos veikos tyrimus, remiantis teisiniu dviejų ar daugiau šalių susitarimu; ir
• planuoti bendras operacijų dienas, kurias realiu laiku valdys Eurojuste esantys koordinavimo centrai ir per kurias nacionalinės valdžios institucijos gali sulaikyti nusikaltėlius, išardyti organizuotas nusikalstamas grupes ir areštuoti turtą.