Eurojust arbejder sammen med nationale myndigheder om at bekæmpe en lang række grove og komplekse grænseoverskridende former for kriminalitet, der involverer ét eller flere lande. Agenturet leder den retlige indsats mod de stigende trusler i Europa, der sætter medlemsstaterne i stand til at være et skridt foran kriminelle, navnlig med fokus på organiserede kriminelle grupper. De sager, der indbringes for Eurojust, involverer ofte mere end én type kriminalitet.

Prioriterede former for kriminalitet omfatter:

• Terrorisme
• Cyberkriminalitet
• Menneskehandel
• Narkotikahandel
• Forbrydelser, der skader EU's finansielle interesser
• Menneskesmugling
• Miljøkriminalitet
• Hvidvaskning af penge
• Svindel og bedrageri

Eurojust tilbyder skræddersyet operationel støtte i de forskellige stadier af grænseoverskridende strafferetlige efterforskninger og sikrer:

• omgående indsats
• en koordineringsvagttjeneste, der er bemandet 24 timer i døgnet, syv dage om ugen
• links til centrale modparter, og
• støtte til forberedelsen af anmodninger om retligt samarbejde, herunder officielle oversættelser.

Desuden kan Eurojust tilbyde komplekse former for bistand og koordineringsmekanismer, der kan kombineres efter behov for at støtte store operationer. Agenturet kan f.eks.:

• koordinere parallelle efterforskninger
• tilrettelægge koordineringsmøder, der involverer de berørte retsmyndigheder og den retshåndhævende instans
• oprette og/eller finansiere fælles efterforskningshold (JIT), hvor retsmyndigheder og retshåndhævende instanser arbejder sammen om tværnationale strafferetlige efterforskninger, baseret på en juridisk aftale mellem to eller flere lande, og
• planlægge fælles aktionsdage, der styres i realtid via koordineringscentre i Eurojust, hvorunder nationale myndigheder kan anholde lovovertrædere, optrævle organiserede kriminelle grupper og beslaglægge aktiver.