Eurojust pracuje z organami krajowymi, aby przeciwdziałać różnym rodzajom poważnej i złożonej przestępczości transgranicznej z udziałem więcej niż jednego kraju. Agencja pełni wiodącą rolę w reagowaniu sądownictwa na narastające zagrożenia w Europie; sprawia, że państwa członkowskie mogą być o krok przed przestępcami; oraz skupia się przede wszystkim na zorganizowanych grupach przestępczych. Sprawy kierowane do Eurojustu często obejmują więcej niż jeden rodzaj przestępczości.

Do priorytetowych rodzajów przestępczości należą:

• Terroryzm
• Cyberprzestępczość
• Handel ludźmi
• Handel narkotykami
• Przestępstwa przeciwko interesom finansowym Unii (przestępstwa OIF)
• Przemyt migrantów
• Przestępczość przeciwko środowisku
• Pranie pieniędzy
• Oszustwa i nadużycia finansowe

Eurojust oferuje dopasowane do konkretnych potrzeb wsparcie operacyjne na wszystkich różnorodnych etapach transgranicznych postępowań przygotowawczych i zapewnia:

• szybkie reagowanie
• dyżurną jednostkę koordynacyjną, działającą całodobowo przez siedem dni w tygodniu;
• kontakty z najważniejszymi odpowiednimi organami;
• pomoc w przygotowywaniu wniosków w sprawie współpracy sądowej, w tym urzędowych tłumaczeń.

Ponadto Eurojust może prowadzić złożone formy pomocy i mechanizmy koordynacji, które da się łączyć w zależności od potrzeb w ważnych operacjach. Przykładowe działania Agencji:

• koordynacja równolegle prowadzonych dochodzeń;
• organizacja spotkań koordynacyjnych z udziałem zainteresowanych organów sądowych i organów ścigania;
• tworzenie lub finansowanie wspólnych zespołów dochodzeniowo-śledczych, w których organy sądowe i organy ścigania współpracują w zakresie transgranicznych postępowań przygotowawczych na podstawie umów prawnych między co najmniej dwoma państwami;
• planowanie dni wspólnych działań, kierowanych w czasie rzeczywistym przez centra koordynacyjne w Eurojuście, podczas których organy krajowe mogą aresztować przestępców, rozbijać zorganizowane grupy przestępcze i zajmować mienie.