Евроюст работи с националните органи в борбата с редица тежки и сложни трансгранични престъпления, включващи две или повече държави. Агенцията ръководи ответните действия по съдебен ред спрямо нарастващите заплахи в Европа, като дава възможност на държавите членки да изпреварят престъпниците с една крачка и се фокусира предимно върху организираните престъпни групи. Случаите, отнесени до Евроюст често включват повече от един вид престъпления.

Видовете приоритетни престъпления включват:

• Тероризъм
• Киберпрестъпност
• Трафик на хора
• Трафик на наркотици
• Престъпления против финансовите интереси на ЕС (престъпления, свързани със защита на финансовите интереси на Съюза)
• Контрабанда на мигранти
• Екологични престъпления
• Изпиране на пари
• Мошеничество и измами

Евроюст предлага специално предназначена оперативна подкрепа през различните етапи на трансграничното разследване на престъпления, като осигурява:

• своевременно реагиране;
• дежурен координационен център, който е на разположение денонощно седем дни в седмицата;
• връзки с ключови колеги; както и
• помощ при изготвянето на искания за съдебно сътрудничество, включително официални писмени преводи.

Освен това Евроюст може да създаде условия за сложни форми на механизми за подпомагане и координация, които могат да бъдат комбинирани според необходимостта от подкрепа при мащабни операции. Например Агенцията може:

• да координира паралелни разследвания;
• да организира координационни заседания, в които участват съответните съдебни и правоприлагащи органи;
• да създава и/или финансира съвместни екипи за разследване (СЕР), в които съдебните и правоприлагащите органи да работят съвместно по разследвания на транснационални престъпления, въз основа на правно споразумение между две или повече държави; и
• да планира дни за съвместни действия, провеждани в Евроюст, които се управляват в реално време посредством кординационните центрове и по време на които националните органи могат да задържат извършители на престъпления, да разбиват организирани престъпни групи и да конфискуват активи