Eurojust bistår i en lang række efterforskninger. Hver sag er forskellig og kræver en individuel tilgang. Ofte skal anklagere handle straks for at lokalisere og pågribe mistænkte. I sådanne tilfælde kan nationale myndigheder benytte sig af Eurojusts unikke koordineringsvagttjenester, f.eks. ved at lette hurtig gennemførelse af en europæisk arrestordre, en indefrysningskendelse eller indsamling af bevismateriale ved hjælp af en europæisk efterforskningskendelse. Andre gange opbygges en sag langsomt og metodisk, over måneder eller endog år, med omhyggelig planlægning, koordinering og diskussion, hvor Eurojust spiller en koordinerende rolle. Fire centrale former for støtte, som Eurojust tilbyder, er fælles efterforskningshold, EU's retlige samarbejdsværktøjer, koordineringsmøder og koordineringscentre.
De sager, der indbringes for Eurojust, involverer enten to eller flere medlemsstater eller en medlemsstat og en ikke-EU-medlemsstat. Til tider involverer sager former for kriminalitet, der begås i en enkelt medlemsstat, hvilket har virkninger uden for dette lands grænser. Eurojust tilbyder medlemsstater sin omfattende erfaring og ekspertise inden for retligt samarbejde, herunder en række værktøjer til håndtering af problemer som konflikter vedrørende jurisdiktion, overdragelse af sager, antagelighed af bevismateriale, og indefrysning og inddrivelse af aktiver. Eftersom Eurojust er vært for myndigheder fra alle medlemsstater og forskellige tredjelande, kan det reagere hurtigt på anmodninger, og kan undertiden bidrage til at løse en sag inden for få timer.