Eurojust hilft bei einem breiten Spektrum von Ermittlungen. Jeder Fall ist anders und erfordert eine besondere Vorgehensweise. Häufig müssen Staatsanwälte unverzüglich handeln, um Verdächtige aufzuspüren und festzunehmen. In solchen Fällen können die nationalen Behörden auf den hervorragenden Dauerdienst von Eurojust zurückgreifen, was beispielsweise die zügige Vollstreckung eines Europäischen Haftbefehls (EuHb), eine Sicherstellungsanordnung oder die Erhebung von Beweismitteln mithilfe einer Europäischen Ermittlungsanordnung (EEA) erleichtert. Manchmal wird eine Ermittlung aber auch langsam und methodisch aufgebaut, was Monate oder sogar Jahre sorgfältiger Planung, Koordinierung und Diskussion erfordert und wobei Eurojust eine koordinierende Rolle spielt. Die vier wichtigsten Elemente der Unterstützung durch Eurojust sind gemeinsame Ermittlungsgruppen, Instrumente der justiziellen Zusammenarbeit der EU, Koordinierungstreffen und Koordinierungszentren.
Die Fälle, mit denen Eurojust befasst wird, betreffen entweder zwei oder mehr EU-Mitgliedstaaten oder einen Mitgliedstaat und einen Nicht-EU-Staat. Manchmal handelt es sich dabei um Straftaten, die zwar nur in einem Mitgliedstaat begangen wurden, deren Auswirkungen jedoch über die Grenzen dieses Staates hinausgehen. Eurojust stellt den Mitgliedstaaten seine umfassende Erfahrung und Kompetenz im Bereich der justiziellen Zusammenarbeit zur Verfügung, einschließlich verschiedener Instrumente zur Bewältigung von Problemen wie Zuständigkeitskonflikten, Auslieferung, Zulässigkeit von Beweismitteln sowie Sicherstellung und Abschöpfung von Vermögenswerten. Da Eurojust die Belange von Behörden aus allen Mitgliedstaaten und verschiedenen Drittstaaten koordiniert, kann die Agentur schnell auf Anfragen reagieren und so dazu beitragen, dass ein Fall manchmal innerhalb von Stunden gelöst wird.