Eurojust oferă asistență într-o gamă largă de investigații. Fiecare caz este diferit și necesită o abordare personalizată. Adesea, procurorii trebuie să acționeze imediat pentru localizarea și reținerea suspecților. În astfel de cazuri, autoritățile naționale se pot baza pe serviciile de permanență unice ale Eurojust, de exemplu, facilitând executarea rapidă a unui mandat european de arestare (MEA), a unui ordin de indisponibilizare sau strângerea de probe utilizând un ordin european de anchetă (OEA). Alteori, ancheta este construită încet și metodic, necesitând luni sau chiar ani de planificare, coordonare și discuții amănunțite, Eurojust având rol de coordonare. Cele patru mijloace principale de sprijin oferite de Eurojust sunt: echipe comune de anchetă, instrumente UE de cooperare judiciară, reuniuni de coordonare și centre de coordonare.
Cazurile cu care este sesizat Eurojust implică fie două sau mai multe state membre ale UE, fie un stat membru și o țară terță. Uneori, cazurile implică infracțiuni comise într-un singur stat membru care au repercusiuni dincolo de granițele sale. Eurojust oferă statelor membre experiența și expertiza sa vastă în materie de cooperare judiciară, inclusiv o serie de instrumente pentru soluționarea unor probleme precum conflicte de competență, extrădări, admisibilitatea probelor și indisponibilizarea și recuperarea activelor. Întrucât Eurojust găzduiește autorități din toate statele membre și din diferite state terțe, poate răspunde rapid la cereri, ajutând uneori la soluționarea unui caz în câteva ore.