Eurojust z nacionalnimi organi sodeluje v boju proti različnim oblikam hudega in kompleksnega čezmejnega kriminala, ki zadeva dve ali več držav. Agencija vodi pravosodni odziv na vse večje grožnje v Evropi, kar državam članicam omogoča, da so korak pred storilci kaznivih dejanj, pri čemer se osredotočajo predvsem na organizirane kriminalne združbe. Primeri, predloženi Eurojustu, pogosto vključujejo več kot eno vrsto kaznivega dejanja.

Med prednostno obravnavanimi kaznivimi dejanji so:

• terorizem,
• kibernetska kriminaliteta,
• trgovina z ljudmi,
• trgovina s prepovedanimi drogami,
• kazniva dejanja v škodo finančnih interesov EU,
• tihotapljenje migrantov,
• kazniva dejanja zoper okolje,
• pranje denarja,
• preslepitve in goljufije.

Eurojust zagotavlja posebej prilagojeno operativno podporo v različnih fazah čezmejnih kazenskih preiskav, in sicer:

• hitro odzivanje,
• storitve nujne koordinacijske enote, ki obratuje 24 ur na dan vse dni v tednu,
• povezave do ključnih partnerjev in
• pomoč pri pripravi zaprosil za pravosodno sodelovanje, vključno z uradnimi prevodi.

Poleg tega lahko Eurojust zagotovi kompleksne oblike pomoči in usklajevalnih mehanizmov, ki se lahko po potrebi združijo za podporo večjim operacijam. Agencija lahko na primer:

• usklajuje vzporedne preiskave,
• organizira usklajevalne sestanke, na katerih sodelujejo zadevni pravosodni organi in organi kazenskega pregona,
• vzpostavi in/ali financira skupne preiskovalne skupine, v katerih pravosodni organi in organi kazenskega pregona sodelujejo pri čezmejnih kazenskih preiskavah na podlagi pravnega sporazuma med dvema ali več državami ter
• načrtuje dneve skupnega ukrepanja, ki se prek koordinacijskih centrov v Eurojustu usmerjajo v realnem času in v okviru katerih lahko nacionalni organi aretirajo storilce kaznivih dejanj, razbijejo organizirane kriminalne združbe in zasežejo sredstva.